Transcriptomic analysis of human brain microvascular endothelial cells exposed to laminin binding protein (adhesion lipoprotein) and Streptococcus pneumoniae

Základné údaje
OCA1. Priezvisko hodnotenej osoby	Bhide
OCA2. Meno hodnotenej osoby	Mangesh Ramesh
OCA3. Tituly hodnotenej osoby	prof. MVSc., PhD.
OCA4. Hyperlink na záznam osoby v Registri zamestnancov vysokých škôl	https://www.portalvs.sk/regzam/detail/6102
OCA5. Oblasť posudzovania	študijný program mikrobiológia a imunológia · III. stupeň
OCA6. Kategória výstupu tvorivej činnosti
OCA7. Rok vydania výstupu tvorivej činnosti	2021
OCA8. ID záznamu v CREPČ alebo CREUČ (ak je)	ID = 254702
OCA9. Hyperlink na záznam v CREPČ alebo CREUČ	https://app.crepc.sk/?fn=detailBiblioFormChildE14H0M&sid=1D6E60CFDFB4EEDFDBCCD68B45&seo=CREP%C4%8C-detail-%C4%8Cl%C3%A1nok
Charakteristika výstupu, ktorý nie je registrovaný v CREPČ alebo CREUČ
OCA10. Hyperlink na záznam v inom verejne prístupnom registri, katalógu výstupov tvorivých činností	https://www.scopus.com/record/display.uri?eid=2-s2.0-85104108329&origin=resultslist&sort=plf-f&src=s&st1=mochnacova&st2=Evel%c3%adna&nlo=1&nlr=20&nls=count-f&sid=ac5d890c4e82e68475cb324624ac36cf&sot=anl&sdt=aut&sl=40&s=AU-ID%28%22Mochn%c3%a1%c4%8dov%c3%a1%2c+Evel%c3%adna%22+57221393156%29&relpos=0&citeCnt=0&searchTerm=
OCA11. Charakteristika výstupu vo formáte bibliografického záznamu CREPČ alebo CREUČ, ak výstup nie je vo verejne prístupnom registri alebo katalógu výstupov	Transcriptomic analysis of human brain microvascular endothelial cells exposed to laminin binding protein (adhesion lipoprotein) and Streptococcus pneumoniae
OCA12. Typ výstupu (ak nie je výstup registrovaný v CREPČ alebo CREUČ)	článok
OCA13. Hyperlink na stránku, na ktorej je výstup sprístupnený (úplný text, iná dokumentácia a podobne)	https://www.nature.com/articles/s41598-021-87021-4
OCA14. Charakteristika autorského vkladu	Autor je nositeľom myšlienok a hlavným riešiteľom celého výskumu v danej oblasti.
OCA15. Anotácia výstupu s kontextovými informáciami týkajúcimi sa opisu tvorivého procesu a obsahu tvorivej činnosti a pod.	Streptococcus pneumoniae napáda CNS a spúšťa silnú bunkovú odpoveď. Signalizačné udalosti, ktoré sa vyskytujú v ľudských mozgových mikrovaskulárnych endoteliálnych bunkách (hBMEC), v reakcii na pneumokoky alebo ich povrchové adhezíny, nie sú doteraz komplexne zmapované. Hodnotili sme odpoveď hBMEC na adhézny lipoproteín (proteín viažuci laminín – Lbp) alebo živé pneumokoky. Lbp je povrchový adhezín nedávno identifikovaný ako potenciálny ligand, ktorý sa viaže na hBMEC. Transkriptomická analýza sa uskutočnila pomocou RNA-seq troch nezávislých biologických replikátov a validovala sa pomocou qRT-PCR s použitím 11 génov. Celkovo bolo po infekcii S. pneumoniae identifikovaných 350 diferencovane exprimovaných génov (DEG), zatiaľ čo 443° pri stimulácii Lbp. Celkovo 231 bolo spoločných pri oboch ošetreniach. Integratívna funkčná analýza odhalila účasť DEG na cytokínových, chemokínových, TNF signálnych dráhach a tvorbe fagozómov. Okrem toho Lbp indukoval starnutie a rozpad buniek a prestavbu ECM. Toto je prvá správa, ktorá mapuje úplný obraz udalostí bunkovej signalizácie v hBMEC spustených proti S. pneumoniae a Lbp. Tu získané údaje by mohli prispieť k lepšiemu pochopeniu invázie pneumokokov cez BBB a podčiarkujú úlohu Lbp adhezínu pri vyvolávaní génovej expresie v neurovaskulárnej jednotke.
Ostatné údaje
OCA16. Anotácia výstupu v anglickom jazyku	Streptococcus pneumoniae invades the CNS and triggers a strong cellular response. To date, signaling events that occur in the human brain microvascular endothelial cells (hBMECs), in response to pneumococci or its surface adhesins are not mapped comprehensively. We evaluated the response of hBMECs to the adhesion lipoprotein (a laminin binding protein—Lbp) or live pneumococci. Lbp is a surface adhesin recently identified as a potential ligand, which binds to the hBMECs. Transcriptomic analysis was performed by RNA-seq of three independent biological replicates and validated with qRT-PCR using 11 genes. In total 350 differentially expressed genes (DEGs) were identified after infection with S. pneumoniae, whereas 443 DEGs when challenged with Lbp. Total 231 DEGs were common in both treatments. Integrative functional analysis revealed participation of DEGs in cytokine, chemokine, TNF signaling pathways and phagosome formation. Moreover, Lbp induced cell senescence and breakdown, and remodeling of ECM. This is the first report which maps complete picture of cell signaling events in the hBMECs triggered against S. pneumoniae and Lbp. The data obtained here could contribute in a better understanding of the invasion of pneumococci across BBB and underscores role of Lbp adhesin in evoking the gene expression in neurovascular unit.
OCA17. Zoznam najviac 5 najvýznamnejších ohlasov na výstup
OCA18. Charakteristika dopadu výstupu na spoločensko-hospodársku prax	Vystup objasňuje biologické procesy prebiehajúce v mozgových endotelových bunkách po ich indukcii Streptococcus pneumoniae (SP) a jeho ligandom laminin binding protein.Dáta z transkriptómovej analýzy boli spracované pomocou inovatívnych bioinformatických nástrojov. Objasnenie transkriptómu buniek vytvára základňu pre pochopenie procesu translokácie SP cez hematoencefalickú bariéru. Tieto poznatky môžu byť využité pri vývoji ligand-blokujúcich terapeutických látok.
OCA19. Charakteristika dopadu výstupu a súvisiacich aktivít na vzdelávací proces	Výstup popisuje metódy kultivácie a indukcie endotelových buniek SP, ako aj spôsob izolácie a spracovanie RNA na RNA sekvenovanie. Transkritptómová analýza bola vykonaná pomocou inovatívnych bioinformatických nástrojov. Všetky novodobé postupy uvedené v tomto výstupe môžu byť aplikované v edukačnom procese ako vzor pre biologické spracovávanie vzoriek, ako aj analýzu transkriptómových dát.