A simple and rapid pipeline for identification of receptor-binding sites on the surface proteins of pathogens/ Patrícia Mertinková, Amod Kulkarni, Evelína Káňová, Katarína Bhide, Zuzana Tkáčová, Mangesh Ramesh Bhide. In Scientific Reports. - ISSN 2045-2322. - Vol. 10, no. (2020), art. no. 1163, p. [1-13]. (2019: 3.998 - IF, 4.576 - IF 5y, 179 - H-index, 1.341 - SJR, Q1 - SJR Best Q, Q1

A simple and rapid pipeline for identification of receptor-binding sites on the surface proteins of pathogens/ Patrícia Mertinková, Amod Kulkarni, Evelína Káňová, Katarína Bhide, Zuzana Tkáčová, Mangesh Ramesh Bhide. In Scientific Reports. - ISSN 2045-2322. - Vol. 10, no. (2020), art. no. 1163, p. [1-13]. (2019: 3.998 - IF, 4.576 - IF 5y, 179 - H-index, 1.341 - SJR, Q1 - SJR Best Q, Q1 - JCR Best Q).

Základné údaje
OCA1. Priezvisko hodnotenej osoby	Bhide
OCA2. Meno hodnotenej osoby	Mangesh Ramesh
OCA3. Tituly hodnotenej osoby	prof. MVSc., PhD.
OCA4. Hyperlink na záznam osoby v Registri zamestnancov vysokých škôl	https://www.portalvs.sk/regzam/detail/6102
OCA5. Oblasť posudzovania	študijný program mikrobiológia a imunológia · III. stupeň
OCA6. Kategória výstupu tvorivej činnosti	vedecký výstup
OCA7. Rok vydania výstupu tvorivej činnosti	2020
OCA8. ID záznamu v CREPČ alebo CREUČ (ak je)	ID = 177540
OCA9. Hyperlink na záznam v CREPČ alebo CREUČ	https://app.crepc.sk/?fn=detailBiblioFormChildK174AQ&sid=5F1CDE603F7696E934F5F77A83&seo=CREP%C4%8C-detail-%C4%8Cl%C3%A1nok
Charakteristika výstupu, ktorý nie je registrovaný v CREPČ alebo CREUČ
OCA10. Hyperlink na záznam v inom verejne prístupnom registri, katalógu výstupov tvorivých činností	https://www.scopus.com/record/display.uri?eid=2-s2.0-85078248933&origin=resultslist&sort=plf-f&src=s&sid=ab9489fe123b1c014b295e00febce183&sot=b&sdt=b&sl=124&s=TITLE-ABS-KEY%28A+simple+and+rapid+pipeline+for+identification+of+receptor-binding+sites+on+the+surface+proteins+of+pathogens%29&relpos=0&citeCnt=1&searchTerm=&featureToggles=FEATURE_NEW_METRICS_SECTION:1
OCA11. Charakteristika výstupu vo formáte bibliografického záznamu CREPČ alebo CREUČ, ak výstup nie je vo verejne prístupnom registri alebo katalógu výstupov	A simple and rapid pipeline for identification of receptor-binding sites on the surface proteins of pathogens/ Patrícia Mertinková, Amod Kulkarni, Evelína Káňová, Katarína Bhide, Zuzana Tkáčová, Mangesh Ramesh Bhide. In Scientific Reports. - ISSN 2045-2322. - Vol. 10, no. (2020), art. no. 1163, p. [1-13]. (2019: 3.998 - IF, 4.576 - IF 5y, 179 - H-index, 1.341 - SJR, Q1 - SJR Best Q, Q1 - JCR Best Q).
OCA12. Typ výstupu (ak nie je výstup registrovaný v CREPČ alebo CREUČ)	článok
OCA13. Hyperlink na stránku, na ktorej je výstup sprístupnený (úplný text, iná dokumentácia a podobne)	https://www.nature.com/articles/s41598-020-58305-y
OCA14. Charakteristika autorského vkladu	Autor je nositeľom myšlienok a riešiteľom celého výskumu v danej oblasti.
OCA15. Anotácia výstupu s kontextovými informáciami týkajúcimi sa opisu tvorivého procesu a obsahu tvorivej činnosti a pod.	Interakcie ligand-receptor hrajú kľúčovú úlohu v množstve biologických procesov. Bolo zavedených niekoľko metód na odhalenie rozhrania ligand-receptor, avšak väčšina metód je časovo náročná, pracná a drahá. Tu uvádzame priamy a jednoduchý postup na identifikáciu predpokladaných väzbových miest na receptory na ligandoch patogénov. Dva modelové ligandy (proteíny návnady), doména III proteínu E vírusu West Nile a NadA Neisseria meningitidis, boli inkubované s proteínmi mikrovaskulárnych endotelových buniek ľudského mozgu imobilizovaných na nitrocelulózovej alebo PVDF membráne, komplex bol trypsinizovaný na membráne, viazaný peptidy návnadových proteínov sa získali a detegovali na MALDI-TOF. Dva peptidy DIII (-916 Da a -2003 Da) a štyri peptidy NadA (-1453 Da, -1810 Da, -2051 Da a -2433 Da) boli identifikované ako pravdepodobné receptorové väzbové látky. Ďalej bola väzba identifikovaných peptidov na proteíny endotelových buniek potvrdená použitím biotinylovaných syntetických analógov v ELISA a imunocytochémii. Experimentálny kanál, ktorý je tu prezentovaný, možno ľahko rozšíriť na mapovanie väzbových miest pre receptor na niekoľkých ligandoch súčasne. Tento prístup je rýchly, nákladovo efektívny a menej pracný. Navrhovaný experimentálny kanál by mohol byť jednoduchšou alternatívou alebo doplnkovou metódou k existujúcim technikám používaným na odhalenie aminokyselín zapojených do rozhrania ligand-receptor
Ostatné údaje
OCA16. Anotácia výstupu v anglickom jazyku	Ligand-receptor interactions play a crucial role in the plethora of biological processes. Several methods have been established to reveal ligand-receptor interface, however, the majority of methods are time-consuming, laborious and expensive. Here we present a straightforward and simple pipeline to identify putative receptor-binding sites on the pathogen ligands. Two model ligands (bait proteins), domain III of protein E of West Nile virus and NadA of Neisseria meningitidis, were incubated with the proteins of human brain microvascular endothelial cells immobilized on nitrocellulose or PVDF membrane, the complex was trypsinized on-membrane, bound peptides of the bait proteins were recovered and detected on MALDI-TOF. Two peptides of DIII (~916 Da and ~2003 Da) and four peptides of NadA (~1453 Da, ~1810 Da, ~2051 Da and ~2433 Da) were identified as plausible receptor-binders. Further, binding of the identified peptides to the proteins of endothelial cells was corroborated using biotinylated synthetic analogues in ELISA and immunocytochemistry. Experimental pipeline presented here can be upscaled easily to map receptor-binding sites on several ligands simultaneously. The approach is rapid, cost-effective and less laborious. The proposed experimental pipeline could be a simpler alternative or complementary method to the existing techniques used to reveal amino-acids involved in the ligand-receptor interface
OCA17. Zoznam najviac 5 najvýznamnejších ohlasov na výstup
OCA18. Charakteristika dopadu výstupu na spoločensko-hospodársku prax	Rýchla metóda mapovania receptor-ligand interakcie, ktorá može byť jednoduchšou alternatívou už k existujúcim technikám používaným na odhalenie týchto interakcií.
OCA19. Charakteristika dopadu výstupu a súvisiacich aktivít na vzdelávací proces	Pochopenie vzájomného pôsobenia medzi patogénom a hostiteľom, ktoré je potrebné pre štúdium.