Identification of the proteins of Borrelia garinii interacting with human brain microvascular endothelial cells, Tkáčová, Zuzana; Borszéková Pulzová, Lucia; Mochnáčová, Evelína; Jimenez Munguia, Irene; Bhide, Katarína; Mertinková, Patrícia; Majerová, Petra; Kulkarni, Amod; Kováč, Andrej; Bhide, Mangesh Ramesh. In Ticks and Tick-Borne Diseases. - ISSN 1877-959X. - Vol. 11, no. 4 (2020), art. no. 101451, p. [1-14]. (2019: 2.749 - IF, 2.896 - IF 5y, 39 - H-index, 1.182 - SJR, Q1 - SJR Best Q, Q2

Identification of the proteins of Borrelia garinii interacting with human brain microvascular endothelial cells, Tkáčová, Zuzana; Borszéková Pulzová, Lucia; Mochnáčová, Evelína; Jimenez Munguia, Irene; Bhide, Katarína; Mertinková, Patrícia; Majerová, Petra; Kulkarni, Amod; Kováč, Andrej; Bhide, Mangesh Ramesh. In Ticks and Tick-Borne Diseases. - ISSN 1877-959X. - Vol. 11, no. 4 (2020), art. no. 101451, p. [1-14]. (2019: 2.749 - IF, 2.896 - IF 5y, 39 - H-index, 1.182 - SJR, Q1 - SJR Best Q, Q2 - JCR Best Q).

Základné údaje
OCA1. Priezvisko hodnotenej osoby	Bhide
OCA2. Meno hodnotenej osoby	Mangesh Ramesh
OCA3. Tituly hodnotenej osoby	prof. MVSc., PhD.
OCA4. Hyperlink na záznam osoby v Registri zamestnancov vysokých škôl	https://www.portalvs.sk/regzam/detail/6102
OCA5. Oblasť posudzovania	študijný program mikrobiológia a imunológia · III. stupeň
OCA6. Kategória výstupu tvorivej činnosti	vedecký výstup
OCA7. Rok vydania výstupu tvorivej činnosti	2020
OCA8. ID záznamu v CREPČ alebo CREUČ (ak je)	ID = 203871
OCA9. Hyperlink na záznam v CREPČ alebo CREUČ	https://app.crepc.sk/?fn=detailBiblioFormChildU7GMB&sid=BEDB5CC6AC5331222198D0F4C4&seo=CREP%C4%8C-detail-%C4%8Cl%C3%A1nok
Charakteristika výstupu, ktorý nie je registrovaný v CREPČ alebo CREUČ
OCA10. Hyperlink na záznam v inom verejne prístupnom registri, katalógu výstupov tvorivých činností	https://www.scopus.com/record/display.uri?eid=2-s2.0-85083838639&origin=resultslist&sort=plf-f&src=s&sid=c3f7f2bbfc9303e9d5dac1dfe48e4d1e&sot=b&sdt=b&sl=126&s=TITLE-ABS-KEY%28Identification+of+the+proteins+of+Borrelia+garinii+interacting+with+human+brain+microvascular+endothelial+cells%29&relpos=0&citeCnt=2&searchTerm=&featureToggles=FEATURE_NEW_METRICS_SECTION:1
OCA11. Charakteristika výstupu vo formáte bibliografického záznamu CREPČ alebo CREUČ, ak výstup nie je vo verejne prístupnom registri alebo katalógu výstupov	Identification of the proteins of Borrelia garinii interacting with human brain microvascular endothelial cells, Tkáčová, Zuzana; Borszéková Pulzová, Lucia; Mochnáčová, Evelína; Jimenez Munguia, Irene; Bhide, Katarína; Mertinková, Patrícia; Majerová, Petra; Kulkarni, Amod; Kováč, Andrej; Bhide, Mangesh Ramesh. In Ticks and Tick-Borne Diseases. - ISSN 1877-959X. - Vol. 11, no. 4 (2020), art. no. 101451, p. [1-14]. (2019: 2.749 - IF, 2.896 - IF 5y, 39 - H-index, 1.182 - SJR, Q1 - SJR Best Q, Q2 - JCR Best Q).
OCA12. Typ výstupu (ak nie je výstup registrovaný v CREPČ alebo CREUČ)	článok
OCA13. Hyperlink na stránku, na ktorej je výstup sprístupnený (úplný text, iná dokumentácia a podobne)	https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1877959X19304649
OCA14. Charakteristika autorského vkladu	Autor je nositeľom myšlienok a hlavným riešiteľom celého výskumu v danej oblasti
OCA15. Anotácia výstupu s kontextovými informáciami týkajúcimi sa opisu tvorivého procesu a obsahu tvorivej činnosti a pod.	Lymská borelióza je jednou z hlavných chorôb prenášaných kliešťami v Európe. Udalosti translokácie cez hematoencefalickú bariéru (BBB) zahŕňajú viacnásobné interakcie medzi boreliovými povrchovými proteínmi a receptormi na mozgových mikrovaskulárnych endoteliálnych bunkách (hBMEC). V tejto štúdii sme sa zamerali na identifikáciu proteínov Borrelia, ktoré interagujú s hBMEC. Povrchový proteóm živých borélií (neuroinvazívny kmeň B. garinii) bol zosieťovaný s biotínom pred jeho inkubáciou s hBMEC. Interagujúce proteíny sa získali afinitnou purifikáciou, po ktorej nasledovala SWATH-MS. Dvadsaťštyri interagujúcich kandidátov bolo zoskupených do proteínov vonkajšej membrány (n = 12) a proteínov vnútornej membrány (n = 12) na základe subcelulárnej polohy (LocateP). Ďalšie algoritmy ako TMHMM 2.0 a LipoP, ontologické vyhľadávanie a prehľad literatúry boli následne aplikované na každého z identifikovaných proteínových kandidátov na užší výber najpravdepodobnejších interaktorov. Šesť proteínov, konkrétne proteín domény LysM, BESBP-5, antigén S1, CRASP-1 (Bg071), proteín Erp23 a lipoproteín rodiny Mlp, sa vybralo na produkciu rekombinantných foriem a experimentálne overenie ich interakcie s hBMEC. Predstavujeme tu vysoko výkonný prístup generovania súboru údajov pravdepodobných boreliových ligandov, po ktorom nasleduje systematický bioinformatický kanál na kategorizáciu proteínov na experimentálnu validáciu.
Ostatné údaje
OCA16. Anotácia výstupu v anglickom jazyku	Lyme borreliosis is one of the major tick-borne diseases in Europe. Events of the translocation across the blood-brain barrier (BBB) involve multiple interactions between borrelial surface proteins and receptors on the brain microvascular endothelial cells (hBMECs). In this study, we aimed to identify proteins of Borrelia that interact with hBMECs. The surface proteome of live Borrelia (a neuroinvasive strain of B. garinii) was crosslinked with biotin prior to its incubation with hBMECs. The interacting proteins were recovered by affinity purification, followed by SWATH-MS. Twenty-four interacting candidates were grouped into outer membrane proteins (n = 12) and inner membrane proteins (n = 12) based on the subcellular location (LocateP). Other algorithms like TMHMM 2.0 and LipoP, ontology search and literature review were subsequently applied to each of the identified protein candidates to shortlist the most probable interactors. Six proteins namely, LysM domain protein, BESBP-5, Antigen S1, CRASP-1 (Bg071), Erp23 protein and Mlp family Lipoprotein were selected to produce recombinant forms and experimentally validate their interaction with hBMECs. We present here a high-throughput approach of generating a dataset of plausible borrelial ligands followed by a systematic bioinformatic pipeline to categorize the proteins for experimental validation.
OCA17. Zoznam najviac 5 najvýznamnejších ohlasov na výstup	Bacterial extracellular dna promotes β-amyloid aggregation, Microorganisms 9(6),1301, 2021 Conserved lysine residues in decorin binding proteins of Borrelia garinii are critical in adhesion to human brain microvascular endothelial cells, Molecular Microbiology 115(6), pp. 1395-1409, 2021
OCA18. Charakteristika dopadu výstupu na spoločensko-hospodársku prax	Výstup odhaľuje interaktóm medzi Borrelia a mozgovými mikrovaskulárnymi endotelovými bunkami (hBMECs). Poznanie interakcií neuroinvazívnej baktérie Borrelia garinii s BMEC umožňuje ďalší vývoj cielených ligand-blokujúcich terapeutických látok.
OCA19. Charakteristika dopadu výstupu a súvisiacich aktivít na vzdelávací proces	Výstup popisuje nami zhotovený postup pre identifikáciu interaktómu neuroinvazívnych patogénov. Postup zahŕňa metódy kultivácie hBMECs, Borrelia, biotiniláciu proteómu, SWATH-MS, bioinformatickú analýzu získaných dát, proces klonovania a prípravu rekombinantných proteínov, ako aj využitie antigénových metód pri biologickej validácií interakcií. Metodika tohto článku može byť využitá v edukačnom procese. Taktiež môže byť vzorom pri identifikácií interaktómu iných patogénov počas doktorandského štúdia.